为了适应改革开放以来，特别是二十世纪九十年代我国高等医学教育迅猛发展的新形势，学院根据中央与地方联合办学的指示精神，在大学领导及各部门的支持下，从1996年起到2001年医学院先后与深圳、珠海、广州、清远和江门等市卫生局经过认真友好的磋商，达成了暨南大学与上述各地方卫生局共建暨南大学医学院附属医院的协议。具体情况如下：

　　1997年1月与深圳市卫生局就深圳市人民医院共建成为暨南大学医学院第二附属医院达成共建协议。

　　1997年3月与珠海市卫生局就珠海市人民医院共建成为暨南大学医学院第三附属医院达成共建协议。

　　1999年11月与广州市卫生局就广州市红十字会医院共建成为暨南大学医学院第四附属医院达成共建协议。

　　1999年4月与清远卫生局就清远市人民医院共建成为暨南大学医学院第五附属医院达成共建协议。

　　2001年12月与江门市卫生局就江门市五邑中医院共建成为暨南大学医学院第六附属医院达成共建协议。

　　2000年6月与深圳华侨城建设指挥部达成联合办院协议。

　　2001年9月与深圳市卫生局就深圳市眼科医院共建成为暨南大学医学院眼科中心达成共建协议。

　　此举得到了国家卫生部殷大奎副部长的高度赞扬，他认为：暨南大学与地方政府共建附属医院这种形式，开创了我国高等医学教育的新领域，是一个创举。共建工作的开展可以进一步扩大高等医学院校的办学规模，彻底解决医学院校各层次学生的临床实习问题及临床教学质量的提高。同时，也可以进一步促进地方医院人员素质和医疗水平的提高。

　　共建工作开展几年来，共建双方本着互利互惠、团结协作、资源共享的原则，经过努力使共建双方在教学、科研和医疗等各个方面都取得了长足的进步。

　　后因学校办学规模的扩大和教学工作的需要，第一、二附属医院先后建立成为第一、二临床医学院，直接归口大学领导。