福州市传染病院创办于1947年，是全省唯一的一所传染病专科医院。承担着传染病的医疗、科研及教学任务。院内设有福建省艾滋病治疗中心、肝病治疗中心，福建医科大学传染病学研究室、福建中医学院温病学临床教研室，福州市中西医结合肝病研究所。中华医学会福建分会传染病寄生虫病学会、肝病学会均挂靠该院。医院建筑面积24100平方米。编制床数350张，设7个临床科室，5个医技科室，11个职能科室。医技人员占71.5%，其中高级职称21人，中级职称49人。医院拥有日本彩色多普勒超声波诊断仪、人工肝支持系统、美国贝克曼全自动生化分析仪等46件先进设备等。
　　五十年来，医院建设达到了一定的规模。人才荟萃、设备齐全、技术先进，各种传染病的诊治居国内先进水平，近二十年来重点开展对重症肝炎治疗的攻关研究，使重症肝炎的存活率达到60%，居国内先进水平。积极探索对慢性病毒性肝炎、肝纤维化的治疗研究等，并取得了一定的成效。除此之外。我院还承担着指导全省各种传染病诊治的任务。医院始终坚持“科技兴院，质量兴院”的办院宗旨，近十年来有14项科研成果分别获省政府、省卫生厅、市政府等的奖励，2项科研成果在国外获奖。十年间我院共引进新技术、新疗法、新项目66项。1998年我院的“病毒性肝炎”专业被省卫生厅授予全省十个特色专业之一。2002年11月6日卫生部正式授予福州市传染病医院为“三等甲级专科传染病医院”。